根据自身特点及发展目标，科学合理的设计组织管理架构，实行管理委员会和专家学术委员会领导下的主任负责制。由基地主任在征求各方面意见的基础上，对各项工作做出决策，将民主与集中有机结合。机构设置如下：
1）管理委员会
负责审定基地的重大事项，如建设方案、发展规划、工作报告、经费预算等，确定管理委员会的工作模式。
2）专家技术委员会
为各实验室的发展提供决策咨询服务，对计划立项的技术可行性进行全方位的论证，对同意立项的项目研究方案和具体技术路线提出指导意见。
3）技术研发体系及科技成果转化平台
根据研发方向，开发新技术，为已完成的成果提供展示交流的平台，促进科技成果转化。
4）肿瘤模式动物中心、基因组中心、公共技术支撑平台
作为基地的科研支撑机构，奠定技术服务的基础；
5）基地办公室
协调各实验室与相关部门的关系。
