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（1）口腔颌面发育机制与再生修复的基础与临床研究
着力在肌肉、骨骼肌腱、牙齿和颞下颌关节等颌面器官与组织发生、形成与分化调控机制的理论研究基础上，建立融合发育遗传学、干细胞生物学及生物信息学的再生医学转化平台，致力于将研究由组织工程推向器官工程学层面，结合临床病例研究平台，为筛选颌面部先天性畸形的病因以及临床上应用干细胞修复组织和器官缺损等系列工作提供理论与技术支持。
（2）免疫与颌面部发育再生研究
重点研究不同免疫细胞（T细胞、巨噬细胞、NK细胞、DC等）对牙齿发育和再生的影响、对唾液腺发育和再生的影响，探究系统免疫和局部免疫参与颌面部发育再生的机制；开展口腔菌群、口腔炎症疾病如牙周病等对口腔局部免疫的作用，开展牙周局部免疫参与牙周炎和种植体周围炎的调控机制研究。
（3）口腔炎性疾病及口腔菌群失调疾病的中医药微生态防治研究
应用微生态学原理与传统中医药结合防治以口腔微生态失调为主的口腔炎性疾病及口腔菌群失调疾病，联合中西医结合研究院与辽宁省机体微生态与疾病控制重点实验室，通过筛选口腔益生菌结合传统中医药理念的基础研究与临床转化，推动口腔炎性疾病及口腔菌群失调疾病的中医药微生态防治。
（4）依托蛋白质组学等先进技术平台的口腔肿瘤学研究
筛选间质细胞作用于口腔癌细胞和血管内皮细胞的特异性分子位点，构建并优化细胞三维共培养研究平台；考察在三维共培养状态下间质细胞诱导口腔癌细胞降解细胞外基质及血管再生等过程，选择合适的肿瘤早期诊断靶点与靶向治疗靶点，开展口腔癌分子诊断与靶向治疗基础研究。
（5）口腔与牙种植体应用生物材料基础研究
利用等离子体浸没离子注入技术、纳米技术等多种表面改性方法，在纯钛种植体表面引入具有促进骨骼生长发育和抗菌性能双重特性的人体必须元素，协载并组装生物活性多肽等成分。通过表面改性技术赋予纯钛种植材料双重特性，制备同时具有良好的生物相容性和抗菌性能的新型钛种植材料。